ธงพันธมิตรไม่มีเวลาหมดอายุ แต่จะไม่สามารถใช้งานได้เมื่อถูกทำลายหรือขาดการเชื่อมต่อกับศูนย์บัญชาการพันธมิตร หากธงพันธมิตรใช้งานไม่ได้ พื้นที่โดยรอบจะไม่สามารถผลิตทรัพยากรใด ๆ ออกมาได้อีก นอกจากนี้สมาชิกที่อยู่ในระยะครอบคลุมจะยังไม่ได้รับโบนัสพันธมิตรอีกด้วย