「にじいろ牧場」には2つの異なる保管庫が存在します。1つはシーサイドの牧場のもので、もう1つは島の牧場のものです。両方の保管庫とも、動物や製造機、装飾品、建築物といったアイテムを保管することができますが、シーサイドの保管庫はシーサイドのアイテムだけを、また島の保管庫は島のアイテムだけを保管できる仕様になっています。
保管庫はシーサイドと島では少し様相が違っています。左側がシーサイドの牧場の保管庫で、右側が島の牧場の保管庫です。
シーサイドの保管庫は、シーサイドのお店でレベル12以上で購入ができ、島の保管庫や拡張で土地の10番目のロックを解除すると手に入れることができます。どちらの保管庫も保管庫のレベルをあげることで、保管できる数量を増量することができます!