にじいろ牧場には2週間に1回、新しい特別ミッションが登場します。この特別ミッションは期間限定で開催されます。この特別ミッションにはいつも、収集ミッションが付属しています。

収集ミッションでは、特定のアイテムを集めることが求められます。特定のアイテムは、特別ミッションごとに異なりますが、作物の収穫や樹木からの果実の収穫、製造機からの生産物の収集、また動物たちからの生産物の収集によって、見つけることができます。メイン画面右に登場する収集ミッションアイコンをタップすると、収集ミッションパネルが表示され、どの作物を収穫するのか、どの生産物を作ればいいのかを確認することができます。4つのタスク（特定の4種類のアイテム）を完成すると特別リワードが贈られます。